Η επίσημη ονομασία της Μονής είναι Ιερά Μεγίστη Μονή Βατοπαιδίου. Το βασικό όνομα Βατοπαιδίου ή Βατοπεδίου εμφανίζεται ήδη στις πρώτες ιστορικές μαρτυρίες που αφορούν το Αγιώνυμον Όρος και έχει διπλή ετυμολογία και αντιστοίχως διπλή ορθογραφία α) ερμηνευόμενο ως παιδίον των βάτων στηρίζεται σε μία παράδοση.
Σύμφωνα με αυτήν η Μονή ιδρύθηκε τον 4ο αιώνα από τον Μέγα Θεοδόσιο, του οποίου ο γιός Αρκάδιος διασώθηκε με θαύμα από ένα ναυάγιο και βρέθηκε στην γεμάτη βάτα περιοχή της, (ανασκαφές που έγιναν το 2000 γύρω από το σημερινό καθολικό, έφεραν στο φως τον παλαιοχριστιανικό ναό, την μεγάλη βασιλική που είχε χτίσει ο Μέγας Θεοδόσιος, στα ερείπια του αρχικού αυτού ναού χτίστηκε το σημερινό καθολικό τον 10 αιώνα) β) ερμηνευόμενο ως πεδίον βάτων υποδηλώνει απλώς το γεγονός ότι στην τοποθεσία γύρω από την Μονή υπάρχουν πολλά βάτα. Σε παλαιότερες εποχές η Μονή χαρακτηριζόταν ως Βασιλική. Τον χαρακτηρισμό αυτό απέκτησαν κάποια εποχή όλες οι μονές του Αγίου Ορους, λόγω των σχέσεών τους με τους βυζαντινούς αυτοκράτορες. Επίσης ονομαζόταν Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή, προνομιακοί χαρακτηρισμοί που δόθηκαν από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως.
Η ιστορία του Αγίου Όρους κατά τους ειδικούς χωρίζεται σε δύο μεγάλες περιόδους. Στην περίοδο κατά την οποία δεν υπάρχουν καταγεγραμμένες γραπτές μαρτυρίες για την ιστορία του Άθωνα και τη μετατροπή της πάλαι ποτέ κοσμικής χερσονήσου των μικρών πόλεων, σε μοναστική πολιτεία και στην περίοδο κατά την οποία μάς παραδίδονται πλέον ιστορικά ντοκουμέντα, επίσημα δημόσια κρατικά ή εκκλησιαστικά έγγραφα, κείμενα συναξαριστών και εν γένει αγιολογικά κείμενα σχετικά με τους μοναχούς των ιερών καθιδρυμάτων, τη μοναστική τους βιοτή και τη σχέση τους με την επίσημη κρατική διοίκηση. Δημιουργήθηκε έτσι εκ των ενόντων ένας σαφής διαχωρισμός στην ιστορία όλων των καθιδρυμάτων του Αγίου Όρους, ανάμεσα στην ιστορία τους πριν από την εμφάνιση των γραπτών πηγών, που συμβατικά την χαρακτηρίζουμε ως “εποχή των παραδόσεων” που πολλάκις μέσω ανασκαφικών ερευνών αποδεικνύεται σε βασικά σημεία αναφοράς αληθής και στην εποχή της καταγεγραμμένης ιστορίας, που αντιστοιχεί, βάση γραπτών μαρτυριών ή πηγών, στην επίσημη ιστορία κάθε μονής.
